Według definicji FAO/WHO probiotykiem nazywamy takie szczepy bakterii, które podane człowiekowi w odpowiedniej dawce wywierają pozytywny wpływ na zdrowie lub ograniczają ryzyko zachorowania. Bakterie probiotyczne najczęściej należą do rodzajów Lactobacillus i  Bifidobacterium. Jedynie szczepy bakterii, których pozytywne działanie udowodniono w badaniach klinicznych mogą być określane na opakowaniach produktów spożywczych jako probiotyczne. Obecnie do probiotyków zaliczane są także niektóre gatunki grzybów.